中国科学院南京地理与湖泊研究所的前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的综合研究机构，中国科学院院士黄秉维、任美锷、周立三曾先后担任过所长。

研究所的战略定位是开展自然和人文要素驱动下湖泊－流域系统过程、格局及其相互作用与调控机理研究，为湖泊科学研究、湖泊资源合理利用、湖泊环境治理与生态保护以及区域可持续发展做出基础性、战略性和前瞻性贡献。研究所将努力建设成为国际一流的湖泊科学基础研究和高层次人才培养基地、国家湖泊资源利用与环境治理工程技术研究中心、经济发达地区可持续发展科学研究与决策咨询中心。

研究所主要面向湖泊水环境治理与生态修复、区域可持续发展规划与评估两大应用研究领域，重点发展物理湖泊与水文、湖泊生物与生态、湖泊沉积与环境演化、湖泊环境与工程、湖泊-流域过程与调控、流域资源与生态环境、区域人文经济地理和遥感与地理信息科学等八个学科方向。现设有湖泊与环境国家重点实验室、中国科学院流域地理学重点实验室、湖泊野外观测站（含太湖湖泊生态系统研究站、鄱阳湖湖泊湿地观测研究站、抚仙湖高原深水湖泊研究站、呼伦湖生态系统定位观测研究站、天目湖流域观测研究站和东非大湖与城市生态研究站）、湖泊-流域数据集成与模拟中心以及所级公共技术服务中心。

研究所现有在职职工282人。其中研究员及正高级工程技术人员48人、副研究员及高级工程技术人员80人。设有地理学博士后流动站，地理学、环境科学与工程2个专业一级学科学位授予点，包括自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、环境科学4个博士学位授予点和自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、环境科学、环境工程、建筑与土木工程6个硕士学位授予点。现有在站博士后20余人，在学研究生200余人。